TaxonMatch: taxonomic integration and tree construction from heterogeneous biological databases
本論文は、非標準的な命名法や分類の変遷により生じる生物多様性データの不整合を解決し、複数のデータベースから統一的な分類体系や系統樹を構築するためのツール「TaxonMatch」を提案するものである。
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evolutionary biology
460 件の論文
Gene Expansion and Regulatory Rewiring Shape Sex-Biased Evolution of the Mouse Submandibular Gland Secretome
この研究は、マウス下顎下腺の分泌タンパク質の性差進化が、系統特異的な遺伝子重複とテストステロン関連調節モチーフの拡大による調節回路の再編成によって駆動されていることを明らかにした。
A history of symbiosis impacts the host evolutionary trajectory in experimentally evolved amoebas
この研究は、共生関係が解消された後も、かつて共生していた細菌の種類が宿主の進化経路に経路依存性をもたらすことを、実験的に進化したアメーバを用いた研究から明らかにしました。
Recombination rate and efficiency of linked selection in small and large stickleback populations
この研究は、九棘トゲウオの集団において、理論予測通り大集団では連鎖選択が遺伝的多様性に強く影響し、小集団の少なくとも一つでは適応を助けるために組換え率が進化的に上昇したことを示しています。
The limits of information in precise regulation of early multicellular life cycles
本研究は、細胞老化や機械的ストレスなどの内在的情報を単独または組み合わせることで、初期の多細胞生物が成長と生殖を調整する規則的な生活環を進化させることには、柔軟性と規則性のトレードオフという本質的な限界があることを示しています。
Optimal virulence in ageing populations
この論文は、2017 年から 2050 年にかけての人口高齢化が、エボラ出血熱や麻疹、結核などの病原体の最適な病原性（virulence）と死亡率に与える影響を、年齢別基本再生産数（R0）モデルを用いて分析し、地域や疾病によって病原性誘発死亡率が増加するケースと減少するケースの両方が生じうることを示しています。
Natural selection driven by escape from shifting antibody classes shapes SARS-CoV-2 evolution
本研究は、SARS-CoV-2 の進化が ACE2 結合能の維持と、集団免疫の獲得に伴って変化する抗体クラス（特にクラス 3 やクラス 2）からの逃避という動的な自然選択によって駆動されていることを、表現型選択推論フレームワークを用いて明らかにしたものである。
Lungfish comparative genomics reveals ancient gene networks co-opted for life on land
この論文は、陸上生活への適応を可能にするために、古代の全ゲノム重複によって生じた遺伝子コピーが、肺魚の夏眠という生理的状態においてネットワークハブとして再編成され、選択圧を受けたことを示す比較ゲノム解析の結果を報告しています。
Local trade-offs shape flower size evolution across Arabidopsis thaliana distribution.
本論文は、自家受粉植物シロイヌナズナにおいて、環境に応じた資源配分のトレードオフが花の大きさの進化を地域ごとに方向づけ、多様性を維持していることを明らかにしたものである。
Regulatory architecture and standing variation drive parallelism in floral evolution
この論文は、シロイヌナズナ属における花の進化の平行現象が、多面性遺伝子 JAGGED の用量変化と、その機能的多型が長期的に維持されるという調節機構の組み合わせによって駆動されていることを示しています。
Eco-evolutionary dynamics of pathogen epidemic timing in a seasonal environment
この論文は、季節性環境における病原体の伝播タイミングが、ニッチの早期占拠による優先効果と外部最適値への適応という二つの力のバランスによって、単一の安定した季節への収束、継続的な季節の前進、あるいは多様な季節型のコロニー形成など、多様な進化動態を示すことを示しています。
Dependent variable selection in phylogenetic generalized least squares regression analysis under Pagel's lambda model
この論文は、因果関係が不明な形質間の PGLS 回帰分析において、従属変数の選択基準として対数尤度や AIC などの指標よりも、パゲルのラムダやブロムバーグの K などの指標の方が一貫した結果をもたらすことを、シミュレーションを通じて実証したものである。
Divergent C. elegans toxin alleles are suppressed by distinct mechanisms
本研究は、C. elegans の集団に存在する 3 種類の異なる状態（ハワイ由来の標準型、毒素欠失型、N2 系統由来の毒素活性保持型）を有する新たな毒素・抗毒素システムを同定し、特に標準実験株 N2 において毒素遺伝子が内因性 small RNA 経路によって転写後的に抑制されていることを明らかにした。
Limited directional selection but coevolutionary signals among imprinted genes in A. lyrata.
本論文は、親の対立仮説が強く予測される自家受粉と他家受粉の両方の集団を含む Arabidopsis lyrata および Brassicaceae 科の植物において、ゲノムインプリンティング遺伝子に平衡選択や共進化のシグナルが検出されたものの、その選択の強さやパターンは交配系や仮説の予測と完全には一致せず、発現調節への選択が配列進化よりも支配的である可能性を示唆しています。
Influenza hemagglutinin subtypes have different sequence constraints despite sharing extremely similar structures
インフルエンザウイルスの異なる亜型（H3、H5、H7）の血球凝集素は、極めて類似した構造と機能を共有しているにもかかわらず、アミノ酸配列の進化に伴い接触残基間の相互作用が再編成され、約半数の部位で受容されるアミノ酸の選択に顕著な違いが生じていることが示されました。
Negative allometry of egg size among 29 species of drosophilid flies
この研究は、29 種のショウジョウバエ科の系統発生と形態データを解析し、成体の大きさが増すほど卵の大きさが相対的に小さくなる負の全異性が見られ、その進化が確率的な漸進的変化によって駆動されていることを明らかにした。
Coordination of sequential RNase activities in an ancient molecular machine
本研究は、祖先序列再構成と構造解析を通じて、真核生物の RNA エキソソームコア複合体（Exo9）が、古細菌由来の活性を持つ RNase から、Rrp44 のアロステリックなリクルートを通じて連続的な RNase 活性を調整する調節ハブへと進化した分子機構を解明したものである。
Structural reorganization and genomic context define a divergent lineage of the Wolbachia male-killing gene wmk
本研究は、251 個の Wolbachia ゲノムを解析し、雄殺し遺伝子 wmk の多様性が配列変異だけでなく、顕著な構造再編成とゲノム環境の違いによっても形成されていることを明らかにし、さらにその多様性が共生菌のスーパーグループと宿主の分類階級によって制約されていることを示しました。
Between Friends and Foes: Evolutionary Diversification in Mutualistic-Antagonistic Networks
生態的モデルを用いた研究により、植物と送粉者・草食動物の三者間ネットワークにおいて、互利関係と敵対関係が同じ形質によって媒介される場合（生態的多面性）、両者の相互作用の強さが互いの進化的多様化を強く制約し、異なる形質で媒介される場合とは異なる多様化パターンが生じることが示されました。
A simple test demonstrates that many prokaryotic accessory genes are adaptive.
この論文は、非シノニム多様性とシノニム多様性の比率（πn/πs）が 1 未満であることを示す簡易なテストを開発し、大腸菌と黄色ブドウ球菌の数千に及ぶアクセサリ遺伝子の少なくとも 75% が自然選択によって維持されている適応的なものであることを実証しました。